○種別 (必須): | □ | 先端技術科学教育部 (授業概要)
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○入学年度 (必須): | □ | 西暦 2010年 (平成 22年)
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○名称 (必須): | □ | (英) Advamced Cell Physiology (日) 細胞生理学特論 (読) さいぼうせいりがくとくろん
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○形態 (推奨): | 1. | ポートフォーリオ
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○コース (必須): | 1. | 2010/[徳島大学.先端技術科学教育部.環境創生工学専攻.生命テクノサイエンスコース]/[博士前期課程]
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○担当教員 (必須): | 1. | 中村 嘉利
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○単位 (必須): | □ | 2
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○目的 (必須): | □ | (英) This class is intended to demonstrate how to use capable molecular viewers (PyMol & Coot) for protein structure, which can be used for detailed analyses of protein 3D-structure. (日) 立体構造解析されたタンパク質を詳細に分析,観察できるviewerプログラムをマスターする.
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○概要 (必須): | □ | (英) This class (portfolio) introduces how the programs (PyMol & Coot) can be used, and what their capabilities are. (日) プログラムとしてPyMolとCootを取り上げ,これらの使用法とどのような分析,観察が可能か解説する.授業の形式はポートフォーリオ形式とする.
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○キーワード (推奨): | 1. | (英) protein 3D-structure (日) タンパク質立体構造 (読)
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| 2. | (英) protein data bank (日) プロテインデータバンク (読)
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| 3. | (英) PyMol (日) パイモル (読)
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| 4. | (英) Coot (日) クート (読)
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○先行科目 (推奨): |
○関連科目 (推奨): | 1. | 生体高分子化学特論 ([2010/[徳島大学.先端技術科学教育部.環境創生工学専攻.生命テクノサイエンスコース]/[博士前期課程]]/->授業概要[2009/生体高分子化学特論])
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○要件 (任意): | □ | (英) Students are required to bring note-type PC, if necessary (Windows is better). (日) 必要な場合はノート型パソコンを用意すること(Windows が望ましい).
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○注意 (任意): |
○目標 (必須): | 1. | (英) To understand protein coordinate file. (日) タンパク質の座標ファイルを利用·編集できる.レポートで評価
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| 2. | (英) To understand operation of molecular viewers. (日) viewerプログラムをマスターする.レポートで評価
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○計画 (必須): | 1. | (英) Protein Data Bank and coodinate file (日) プロテインデータバンクと座標ファイル
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| 2. | (英) Installation of the programs (日) プログラムのインストール
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| 3. | (英) Getting started with mouse controls (日) マウスコントロール
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| 4. | (英) Getting started with commands (日) コマンドライン入力
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| 5. | (英) Comand syntax (日) コマンドの構文
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| 6. | (英) Atom selection (日) 原子セレクト
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| 7. | (英) Ray-tracing and stereo (日) レイトレーシングとステレオ図
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| 8. | (英) Animation (日) 動画
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| 9. | (英) Tutorial 1:basics (日) チュートリアル 1:基礎
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| 10. | (英) Tutorial 2:advanced techniques (日) チュートリアル 2:応用
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| 11. | (英) Tutorial 3:example scripts (日) チュートリアル 3:スクリプトの例
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| 12. | (英) Exercise 1:editing of PDB file (日) 演習 1:PDBファイルの編集
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| 13. | (英) Exercise 2:structural comparison (日) 演習 2:構造比較
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| 14. | (英) Exercise 3:DALI web server (日) 演習 3:DALIサーバー
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| 15. | (英) Exercise 4: WHAT IF web server (日) 演習 4:WHAT IFサーバー
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○評価 (必須): | □ | (英) Drawing products with brief explanation (assignments count 100%) (日) 最後に提出するレポートで評価する(100%).
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○再評価 (必須): |
○対象学生 (任意): | □ | 開講コース学生のみ履修可能
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○教科書 (必須): | 1. | (英) To be introduced in the class (日) 授業中に紹介する
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○参考資料 (推奨): | 1. | (英) To be introduced in the class (日) 授業中に紹介する
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○URL (任意): |
○連絡先 (推奨): | 1. | (英) Administration Office(M703) (日) 生物事務室(M棟703) (読)
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○科目コード (推奨): |
○備考 (任意): |