徳島大学 教育・研究者情報データベース(EDB)

Education and Research Database (EDB), Tokushima University

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著作: Furge A. Kyle/Lucas A. Kerry/[高橋 正幸]/Sugimura Jun/Kort J. Eric/[金山 博臣]/[香川 征]/Hoekstra Philip/Curry John/Yang J. Ximing/Teh T Bin/Robust Classification of Renal Cell Carcinoma Based on Gene Expression Data and Predicted Cytogenetic Profiles/[Cancer Research]

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EID
93167
EOID
656082
Map
0
LastModified
2012年8月30日(木) 17:09:53
Operator
大家 隆弘
Avail
TRUE
Censor
0
Owner
香川 征
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種別 必須 学術論文(審査論文)
言語 必須 英語
招待 推奨
審査 推奨
カテゴリ 推奨
共著種別 推奨
学究種別 推奨
組織 推奨
著者 必須
  1. (英) Furge A. Kyle
    役割 任意
    貢献度 任意
    学籍番号 推奨
  2. (英) Lucas A. Kerry
    役割 任意
    貢献度 任意
    学籍番号 推奨
  3. 高橋 正幸([徳島大学.大学院医歯薬学研究部.医学域.医科学部門.外科系.泌尿器科学]/[徳島大学.病院.診療科.外科.泌尿器科])
    役割 任意
    貢献度 任意
    学籍番号 推奨
  4. (英) Sugimura Jun
    役割 任意
    貢献度 任意
    学籍番号 推奨
  5. (英) Kort J. Eric
    役割 任意
    貢献度 任意
    学籍番号 推奨
  6. 金山 博臣([徳島大学.大学院医歯薬学研究部.医学域.医科学部門.外科系.泌尿器科学])
    役割 任意
    貢献度 任意
    学籍番号 推奨
  7. 香川 征
    役割 任意
    貢献度 任意
    学籍番号 推奨
  8. (英) Hoekstra Philip
    役割 任意
    貢献度 任意
    学籍番号 推奨
  9. (英) Curry John
    役割 任意
    貢献度 任意
    学籍番号 推奨
  10. (英) Yang J. Ximing
    役割 任意
    貢献度 任意
    学籍番号 推奨
  11. (英) Teh T Bin
    役割 任意
    貢献度 任意
    学籍番号 推奨
題名 必須

(英) Robust Classification of Renal Cell Carcinoma Based on Gene Expression Data and Predicted Cytogenetic Profiles

副題 任意
要約 任意

(英) Renal cell carcinoma (RCC) is a heterogeneous disease that includes several histologically distinct subtypes. The most common RCC subtypes are clear cell, papillary, and chromophobe, and recent gene expression profiling studies suggest that classification of RCC based on transcriptional signatures could be beneficial. Traditionally, however, patterns of chromosomal alterations have been used to assist in the molecular classification of RCC. The purpose of this study was to determine whether it was possible to develop a classification model for the three major RCC subtypes that utilizes gene expression profiles as the bases for both molecular genetic and cytogenetic classification. Gene expression profiles were first used to build an expression-based RCC classifier. The RCC gene expression profiles were then examined for the presence of regional gene expression biases. Regional expression biases are genetic intervals that contain a disproportionate number of genes that are coordinately up- or down-regulated. The presence of a regional gene expression bias often indicates the presence of a chromosomal abnormality. In this study, we demonstrate an expression-based classifier can distinguish between the three most common RCC subtypes in 99% of cases (n = 73). We also demonstrate that detection of regional expression biases accurately identifies cytogenetic features common to RCC. Additionally, the in silico-derived cytogenetic profiles could be used to classify 81% of cases. Taken together, these data demonstrate that it is possible to construct a robust classification model for RCC using both transcriptional and cytogenetic features derived from a gene expression profile.

キーワード 推奨
  1. (英) Carcinoma, Renal Cell
  2. (英) Gene Expression Profiling
  3. (英) Humans
  4. (英) Kidney Neoplasms
  5. (英) Oligonucleotide Array Sequence Analysis
  6. (英) Prognosis
発行所 推奨
誌名 必須 Cancer Research(American Assotiation for Cancer Research)
(pISSN: 0008-5472, eISSN: 1538-7445)
ISSN 任意 0008-5472
ISSN: 0008-5472 (pISSN: 0008-5472, eISSN: 1538-7445)
Title: Cancer research
Title(ISO): Cancer Res
Publisher: American Association for Cancer Research
 (NLM Catalog  (Scopus  (Scopus  (Scopus  (CrossRef (Scopus information is found. [need login])
必須 64
必須 12
必須 4117 4121
都市 任意
年月日 必須 2004年 6月 15日
URL 任意
DOI 任意 10.1158/0008-5472.CAN-04-0534    (→Scopusで検索)
PMID 任意 15205321    (→Scopusで検索)
NAID 任意
WOS 任意
Scopus 任意
評価値 任意
被引用数 任意
指導教員 推奨
備考 任意
  1. (英) Article.Affiliation: Bioinformatics Special Program, Van Andel Research Institute, Grand Rapids, Michigan 49503, USA. kyle.furge@vai.org

  2. (英) Article.PublicationTypeList.PublicationType: Journal Article

  3. (英) Article.PublicationTypeList.PublicationType: Research Support, Non-U.S. Gov't

  4. (英) Article.PublicationTypeList.PublicationType: Research Support, U.S. Gov't, P.H.S.