徳島大学 教育・研究者情報データベース(EDB)

Education and Research Database (EDB), Tokushima University

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著作: 山田 博貴/大森 理央/Okada Naoto/[中村 信元]/Kagawa Kumiko/[藤井 志朗]/[三木 浩和]/[石澤 啓介]/[安倍 正博]/[佐藤 陽一]/A machine learning model using SNPs obtained from a genome-wide association study predicts the onset of vincristine-induced peripheral neuropathy/[The Pharmacogenomics Journal]/[佐藤 陽一]

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EID
386499
EOID
1052006
Map
0
LastModified
2022年8月9日(火) 18:09:53
Operator
大家 隆弘
Avail
TRUE
Censor
0
Owner
佐藤 陽一
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種別 必須 学術論文(審査論文)
言語 必須 英語
招待 推奨
審査 推奨 Peer Review
カテゴリ 推奨
共著種別 推奨
学究種別 推奨
組織 推奨
著者 必須
  1. (英) Yamada Hiroki / (日) 山田 博貴 / (読) やまだ ひろき
    役割 任意
    貢献度 任意
    学籍番号 推奨 ****
  2. (英) Ohmori Rio / (日) 大森 理央 / (読) おおもり りお
    役割 任意
    貢献度 任意
    学籍番号 推奨 ****
  3. (英) Okada Naoto
    役割 任意
    貢献度 任意
    学籍番号 推奨
  4. 中村 信元([徳島大学.大学院医歯薬学研究部.医学域.連携研究部門(医学域).寄附講座系(医学域).実践地域診療・医科学])
    役割 任意
    貢献度 任意
    学籍番号 推奨
  5. (英) Kagawa Kumiko
    役割 任意
    貢献度 任意
    学籍番号 推奨
  6. 藤井 志朗([徳島大学.病院.先端医科医療開発研究プロジェクト]/[徳島大学.病院.診療科.内科.血液内科])
    役割 任意
    貢献度 任意
    学籍番号 推奨
  7. 三木 浩和([徳島大学.病院.中央診療施設等.輸血・細胞治療部])
    役割 任意
    貢献度 任意
    学籍番号 推奨
  8. 石澤 啓介([徳島大学.大学院医歯薬学研究部.医学域.医科学部門.内科系.臨床薬理学])
    役割 任意
    貢献度 任意
    学籍番号 推奨
  9. 安倍 正博
    役割 任意
    貢献度 任意
    学籍番号 推奨
  10. 佐藤 陽一([徳島大学.大学院医歯薬学研究部.薬学域.薬科学部門.生命薬学系.医薬品情報学])
    役割 任意
    貢献度 任意
    学籍番号 推奨
題名 必須

(英) A machine learning model using SNPs obtained from a genome-wide association study predicts the onset of vincristine-induced peripheral neuropathy

副題 任意
要約 任意

(英) Vincristine treatment may cause peripheral neuropathy. In this study, we identified the genes associated with the development of peripheral neuropathy due to vincristine therapy using a genome-wide association study (GWAS) and constructed a predictive model for the development of peripheral neuropathy using genetic information-based machine learning. The study included 72 patients admitted to the Department of Hematology, Tokushima University Hospital, who received vincristine. Of these, 56 were genotyped using the Illumina Asian Screening Array-24 Kit, and a GWAS for the onset of peripheral neuropathy caused by vincristine was conducted. Using Sanger sequencing for 16 validation samples, the top three single nucleotide polymorphisms (SNPs) associated with the onset of peripheral neuropathy were determined. Machine learning was performed using the statistical software R package "caret". The 56 GWAS and 16 validation samples were used as the training and test sets, respectively. Predictive models were constructed using random forest, support vector machine, naive Bayes, and neural network algorithms. According to the GWAS, rs2110179, rs7126100, and rs2076549 were associated with the development of peripheral neuropathy on vincristine administration. Machine learning was performed using these three SNPs to construct a prediction model. A high accuracy of 93.8% was obtained with the support vector machine and neural network using rs2110179 and rs2076549. Thus, peripheral neuropathy development due to vincristine therapy can be effectively predicted by a machine learning prediction model using SNPs associated with it.

キーワード 推奨
発行所 推奨
誌名 必須 The Pharmacogenomics Journal([Nature Publishing Group])
(pISSN: 1470-269X, eISSN: 1473-1150)
ISSN 任意 1473-1150
ISSN: 1470-269X (pISSN: 1470-269X, eISSN: 1473-1150)
Title: The pharmacogenomics journal
Title(ISO): Pharmacogenomics J
Publisher: Springer Nature
 (NLM Catalog  (Scopus  (CrossRef (Scopus information is found. [need login])
必須 ---
必須 ---
必須 ---
都市 任意
年月日 必須 2022年 6月 25日
URL 任意
DOI 任意 10.1038/s41397-022-00282-8    (→Scopusで検索)
PMID 任意 35752658    (→Scopusで検索)
CRID 任意
WOS 任意
Scopus 任意
評価値 任意
被引用数 任意
指導教員 推奨
  1. 佐藤 陽一([徳島大学.大学院医歯薬学研究部.薬学域.薬科学部門.生命薬学系.医薬品情報学])
備考 任意
  1. (英) Article.ELocationID: 10.1038/s41397-022-00282-8

  2. (英) Article.PublicationTypeList.PublicationType: Journal Article