徳島大学 教育・研究者情報データベース(EDB)

Education and Research Database (EDB), Tokushima University

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著作: 川瀬 貴士/[菅野 茂夫]/嶋田 知生/西村 いくこ/A direction-selective local-thresholding method, DSLT, in combination with a dye-based method for automated three-dimensional segmentation of cells and airspaces in developing leaves./[The Plant Journal : for Cell and Molecular Biology]

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EID
309343
EOID
891797
Map
0
LastModified
2018年3月7日(水) 16:37:48
Operator
三木 ちひろ
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TRUE
Censor
0
Owner
[センター長]/[徳島大学.農工商連携センター]
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種別 必須 学術論文(審査論文)
言語 必須 英語
招待 推奨
審査 推奨 Peer Review
カテゴリ 推奨 研究
共著種別 推奨
学究種別 推奨
組織 推奨
  1. 徳島大学.農工商連携センター(2012年4月1日〜2016年3月31日)
著者 必須
  1. (英) Takashi Kawase / (日) 川瀬 貴士 / (読) かわせ たかし
    役割 任意
    貢献度 任意
    学籍番号 推奨
  2. 菅野 茂夫
    役割 任意
    貢献度 任意
    学籍番号 推奨
  3. (英) Tomoo Shimada / (日) 嶋田 知生 / (読) しまだ ともお
    役割 任意
    貢献度 任意
    学籍番号 推奨
  4. (英) Ikuko Hara-Nishimura / (日) 西村 いくこ / (読) にしむら いくこ
    役割 任意
    貢献度 任意
    学籍番号 推奨
題名 必須

(英) A direction-selective local-thresholding method, DSLT, in combination with a dye-based method for automated three-dimensional segmentation of cells and airspaces in developing leaves.

副題 任意
要約 任意

(英) Quantifying the anatomical data acquired from three-dimensional (3D) images has become increasingly important in recent years. Visualization and image segmentation are essential for acquiring accurate and detailed anatomical data from images; however, plant tissues such as leaves are difficult to image by confocal or multi-photon laser scanning microscopy because their airspaces generate optical aberrations. To overcome this problem, we established a staining method based on Nile Red in silicone-oil solution. Our staining method enables color differentiation between lipid bilayer membranes and airspaces, while minimizing any damage to leaf development. By repeated applications of our staining method we performed time-lapse imaging of a leaf over 5 days. To counteract the drastic decline in signal-to-noise ratio at greater tissue depths, we also developed a local thresholding method (direction-selective local thresholding, DSLT) and an automated iterative segmentation algorithm. The segmentation algorithm uses the DSLT to extract the anatomical structures. Using the proposed methods, we accurately segmented 3D images of intact leaves to single-cell resolution, and measured the airspace volumes in intact leaves.

キーワード 推奨
  1. (英) Algorithms
  2. (英) Arabidopsis
  3. (英) Imaging, Three-Dimensional
  4. (英) Microscopy, Confocal
  5. (英) Oxazines
  6. (英) Plant Leaves
  7. (英) Silicone Oils
  8. (英) Tobacco
発行所 推奨
誌名 必須 The Plant Journal : for Cell and Molecular Biology(Society for Experimental Biology (Great Britain))
(pISSN: 0960-7412, eISSN: 1365-313X)
ISSN 任意 1365-313X
ISSN: 0960-7412 (pISSN: 0960-7412, eISSN: 1365-313X)
Title: The Plant journal : for cell and molecular biology
Title(ISO): Plant J
Supplier: Society for Experimental Biology
Publisher: Wiley Publishing
 (NLM Catalog  (Wiley  (Scopus  (CrossRef (Scopus information is found. [need login])
必須 81
必須 2
必須 357 366
都市 任意
年月日 必須 2015年 1月 初日
URL 任意
DOI 任意 10.1111/tpj.12738    (→Scopusで検索)
PMID 任意 25440085    (→Scopusで検索)
CRID 任意
WOS 任意 000347830900015
Scopus 任意 2-s2.0-84920654571
評価値 任意
被引用数 任意
指導教員 推奨
備考 任意
  1. (英) Article.ELocationID: 10.1111/tpj.12738

  2. (英) Article.PublicationTypeList.PublicationType: Journal Article

  3. (英) KeywordList.Keyword: Arabidopsis thaliana

  4. (英) KeywordList.Keyword: Nicotiana glauca

  5. (英) KeywordList.Keyword: Nile Red

  6. (英) KeywordList.Keyword: Spirodela polyrhiza

  7. (英) KeywordList.Keyword: automated segmentation

  8. (英) KeywordList.Keyword: confocal microscopy

  9. (英) KeywordList.Keyword: local thresholding

  10. (英) KeywordList.Keyword: silicone oil

  11. (英) KeywordList.Keyword: technical advance