徳島大学 教育・研究者情報データベース(EDB)

Education and Research Database (EDB), Tokushima University

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授業概要: 2011/細胞生理学特論

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EID
216663
EOID
555160
Map
[2010/細胞生理学特論]
LastModified
2011年1月21日(金) 22:39:02
Operator
中村 嘉利
Avail
TRUE
Censor
0
Owner
[教務委員会委員]/[徳島大学.工学部.生物工学科]
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種別 必須 先端技術科学教育部 (授業概要)
入学年度 必須 西暦 2011年 (平成 23年)
名称 必須 (英) Advamced Cell Physiology / (日) 細胞生理学特論 / (読) さいぼうせいりがくとくろん
形態 推奨
  1. ポートフォーリオ
コース 必須
  1. 2011/[徳島大学.先端技術科学教育部.環境創生工学専攻.生命テクノサイエンスコース]/[博士前期課程]
担当教員 必須
  1. 中村 嘉利
    肩書 任意
単位 必須 2
目的 必須

(英) This class is intended to demonstrate how to use capable molecular viewers (PyMol & Coot) for protein structure, which can be used for detailed analyses of protein 3D-structure.

(日) 立体構造解析されたタンパク質を詳細に分析,観察できるviewerプログラムをマスターする.

概要 必須

(英) This class (portfolio) introduces how the programs (PyMol & Coot) can be used, and what their capabilities are.

(日) プログラムとしてPyMolとCootを取り上げ,これらの使用法とどのような分析,観察が可能か解説する.授業の形式はポートフォーリオ形式とする.

キーワード 推奨
  1. (英) protein 3D-structure / (日) タンパク質立体構造
  2. (英) protein data bank / (日) プロテインデータバンク
  3. (英) PyMol / (日) パイモル
  4. (英) Coot / (日) クート
先行科目 推奨
関連科目 推奨
  1. 生体高分子化学特論([2011/[徳島大学.先端技術科学教育部.環境創生工学専攻.生命テクノサイエンスコース]/[博士前期課程]]/->授業概要[2010/生体高分子化学特論])
    関連度 任意
要件 任意

(英) Students are required to bring note-type PC, if necessary (Windows is better).

(日) 必要な場合はノート型パソコンを用意すること(Windows が望ましい).

注意 任意
目標 必須
  1. (英) To understand protein coordinate file.

    (日) タンパク質の座標ファイルを利用·編集できる.レポートで評価

  2. (英) To understand operation of molecular viewers.

    (日) viewerプログラムをマスターする.レポートで評価

計画 必須
  1. (英) Protein Data Bank and coodinate file

    (日) プロテインデータバンクと座標ファイル

  2. (英) Installation of the programs

    (日) プログラムのインストール

  3. (英) Getting started with mouse controls

    (日) マウスコントロール

  4. (英) Getting started with commands

    (日) コマンドライン入力

  5. (英) Comand syntax

    (日) コマンドの構文

  6. (英) Atom selection

    (日) 原子セレクト

  7. (英) Ray-tracing and stereo

    (日) レイトレーシングとステレオ図

  8. (英) Animation

    (日) 動画

  9. (英) Tutorial 1:basics

    (日) チュートリアル 1:基礎

  10. (英) Tutorial 2:advanced techniques

    (日) チュートリアル 2:応用

  11. (英) Tutorial 3:example scripts

    (日) チュートリアル 3:スクリプトの例

  12. (英) Exercise 1:editing of PDB file

    (日) 演習 1:PDBファイルの編集

  13. (英) Exercise 2:structural comparison

    (日) 演習 2:構造比較

  14. (英) Exercise 3:DALI web server

    (日) 演習 3:DALIサーバー

  15. (英) Exercise 4: WHAT IF web server

    (日) 演習 4:WHAT IFサーバー

評価 必須

(英) Drawing products with brief explanation (assignments count 100%)

(日) 最後に提出するレポートで評価する(100%).

再評価 必須
対象学生 任意 開講コース学生のみ履修可能
教科書 必須
  1. (英) To be introduced in the class

    (日) 授業中に紹介する

参考資料 推奨
  1. (英) To be introduced in the class

    (日) 授業中に紹介する

URL 任意
連絡先 推奨
  1. (英) Administration Office(M703) / (日) 生物事務室(M棟703)
    オフィスアワー 任意
科目コード 推奨
備考 任意
  1. (英) When you take this class, it is necessary to do preparation for 2h and review for 2h everry 2h class for your understanding and taking credit.

    (日) 授業を受ける際には,2時間の授業時間毎に2時間の予習と2時間の復習をしたうえで授業を受けることが,授業の理解と単位取得のために必要である.

  2. (日) 成績評価に対する平常点と試験の比率は50:50とする.平常点には講義への参加状況,演習への回答及びレポートの提出状況と内容を含み,試験は中間テストと最終試験の成績を含む.

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