徳島大学 教育・研究者情報データベース(EDB)

Education and Research Database (EDB), Tokushima University

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著作: Inouchi Atsushi/Shinohara Shuichi/[井上 寛]/[北 研二]/[板倉 光夫]/242ヒトmiRNAの特異的上流配列モチーフの同定/[Computational Biology and Chemistry]

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EID
187056
EOID
911529
Map
0
LastModified
2018年6月27日(水) 16:44:34
Operator
三木 ちひろ
Avail
TRUE
Censor
0
Owner
北 研二
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種別 必須 学術論文(審査論文)
言語 必須 英語
招待 推奨
審査 推奨
カテゴリ 推奨
共著種別 推奨
学究種別 推奨
組織 推奨
  1. 徳島大学.ゲノム機能研究センター(〜2008年3月31日/->組織[徳島大学.疾患プロテオゲノム研究センター])
著者 必須
  1. (英) Inouchi Atsushi
    役割 任意
    貢献度 任意
    学籍番号 推奨
  2. (英) Shinohara Shuichi
    役割 任意
    貢献度 任意
    学籍番号 推奨
  3. 井上 寛
    役割 任意
    貢献度 任意
    学籍番号 推奨
  4. 北 研二([徳島大学.大学院社会産業理工学研究部.理工学域.知能情報系.情報工学分野]/[徳島大学.理工学部.理工学科.情報光システムコース.情報工学講座])
    役割 任意

    (日) 共同研究者として,研究に対する助言を行った.

    貢献度 任意
    学籍番号 推奨
  5. 板倉 光夫
    役割 任意
    貢献度 任意
    学籍番号 推奨
題名 必須

(英) Identification of specific sequence motifs in the upstream region of 242 human miRNA genes.

(日) 242ヒトmiRNAの特異的上流配列モチーフの同定

副題 任意
要約 任意

(英) We have identified novel over-represented and conserved motifs in the upstream regions of human and mouse miRNA stem-loop sequences by means of a new bioinformatic processing regimen. We observed sequence conservation -500 bp upstream in 189 human and mouse miRNAs declining with increasing distance from their putative miRNA stem-loop origin. We also found relatively GC-rich regions having more than 50% of guanine+cytosine (G+C) content at about -30 and -170 bp relative to human miRNA stem-loop sequence origin. To further identify specific sequence motifs that might be involved in the transcriptional regulation of miRNA precursors, we first searched 500 bp upstream sequences of 194 non-redundant human miRNA stem-loop sequences for frequently occurring motifs 5-15 bp long. We then found the comparable occurrences of the 20 most frequent motifs in the 2000 bp upstream regions of 242 human and 290 mouse miRNAs. The significantly reduced frequency of occurrence of all 20 motifs in the regions 2000 bp upstream of 23,570 human RefSeq genes demonstrated that these motifs were specific to the upstream miRNA sequences. The most frequently observed motif M1 (GTGCTTMTAGTGCAG), with a MEME E-value of 3.8e-57 was distributed within 500 bp upstream of stem-loop sequences and was also miRNA-specific. We suggest that these over-represented motif sites are good candidates for experimentally testing miRNA expression as well as possible interaction with regulatory factors.

(日) 本論文では,miRNAステムループ配列におけるmiRNA特異的上流配列モチーフの同定手法を提案する.提案手法は,ヒトmiRNA上流塩基配列からモチーフ検索プログラムにより検出された配列モチーフの出現頻度を,ヒトmiRNA上流塩基配列と比較対照となるマウスmiRNA上流塩基配列,ヒトタンパク質コーディング遺伝子流塩基配列間で比較・検定することにより,そのmiRNA特異性を検討し,既知転写因子結合部位との配列マトリックス比較により,その新規性を検討する.また,提案手法の有効性検証のために,遺伝子データベースを用いた,配列モチーフ同定実験を行った.

キーワード 推奨
  1. (英) Animals
  2. (英) Base Composition
  3. (英) Base Sequence
  4. (英) Computational Biology
  5. (英) Consensus Sequence
  6. (英) CpG Islands
  7. (英) Databases, Genetic
  8. (英) GC Rich Sequence
  9. (英) Humans
  10. (英) Mice
  11. (英) MicroRNAs
  12. (英) Response Elements
発行所 推奨
誌名 必須 Computational Biology and Chemistry([Elsevier])
(pISSN: 1476-9271, eISSN: 1476-928X)
ISSN 任意 1476-9271
ISSN: 1476-9271 (pISSN: 1476-9271, eISSN: 1476-928X)
Title: Computational biology and chemistry
Title(ISO): Comput Biol Chem
Publisher: Elsevier Ltd.
 (NLM Catalog  (Scopus  (CrossRef (Scopus information is found. [need login])
必須 31
必須 3
必須 207 214
都市 任意
年月日 必須 2007年 3月 31日
URL 任意
DOI 任意 10.1016/j.compbiolchem.2007.03.011    (→Scopusで検索)
PMID 任意 17499549    (→Scopusで検索)
NAID 任意
WOS 任意
Scopus 任意 2-s2.0-34248596571
評価値 任意
被引用数 任意
指導教員 推奨
備考 任意
  1. (英) Article.Affiliation: Graduate School of Engineering, The University of Tokushima, 2-1 Minamijosanjima, Tokushima City, Tokushima 770-8506, Japan.

  2. (英) Article.PublicationTypeList.PublicationType: Journal Article

  3. (英) Article.PublicationTypeList.PublicationType: Research Support, Non-U.S. Gov't