徳島大学 教育・研究者情報データベース(EDB)

1. ポートフォーリオ

(英) This class is intended to demonstrate how to use capable molecular viewers (PyMol & Coot) for protein structure, which can be used for detailed analyses of protein 3D-structure.

(日) 立体構造解析されたタンパク質を詳細に分析，観察できるviewerプログラムをマスターする．

(英) This class (portfolio) introduces how the programs (PyMol & Coot) can be used, and what their capabilities are.

(日) プログラムとしてPyMolとCootを取り上げ，これらの使用法とどのような分析，観察が可能か解説する．授業の形式はポートフォーリオ形式とする．

1. (英) protein 3D-structure / (日) タンパク質立体構造
2. (英) protein data bank / (日) プロテインデータバンク
3. (英) PyMol / (日) パイモル
4. (英) Coot / (日) クート

(英) Students are required to bring note-type PC, if necessary (Windows is better).

(日) 必要な場合はノート型パソコンを用意すること(Windows が望ましい)．

1. (英) To understand protein coordinate file.

   (日) タンパク質の座標ファイルを利用·編集できる．レポートで評価

2. (英) To understand operation of molecular viewers.

   (日) viewerプログラムをマスターする．レポートで評価

1. (英) Protein Data Bank and coodinate file

   (日) プロテインデータバンクと座標ファイル

2. (英) Installation of the programs

   (日) プログラムのインストール

3. (英) Getting started with mouse controls

   (日) マウスコントロール

4. (英) Getting started with commands

   (日) コマンドライン入力

5. (英) Comand syntax

   (日) コマンドの構文

6. (英) Atom selection

   (日) 原子セレクト

7. (英) Ray-tracing and stereo

   (日) レイトレーシングとステレオ図

8. (英) Animation

   (日) 動画

9. (英) Tutorial 1:basics

   (日) チュートリアル 1:基礎

10. (英) Tutorial 2:advanced techniques

    (日) チュートリアル 2:応用

11. (英) Tutorial 3:example scripts

    (日) チュートリアル 3:スクリプトの例

12. (英) Exercise 1:editing of PDB file

    (日) 演習 1:PDBファイルの編集

13. (英) Exercise 2:structural comparison

    (日) 演習 2:構造比較

14. (英) Exercise 3:DALI web server

    (日) 演習 3:DALIサーバー

15. (英) Exercise 4: WHAT IF web server

    (日) 演習 4:WHAT IFサーバー

(英) Drawing products with brief explanation (assignments count 100%)

(日) 最後に提出するレポートで評価する(100%)．

1. (英) To be introduced in the class

   (日) 授業中に紹介する

1. (英) To be introduced in the class

   (日) 授業中に紹介する

1. (英) Administration Office(M703) / (日) 生物事務室(M棟703)

   オフィスアワー	任意