徳島大学 教育・研究者情報データベース(EDB)

Education and Research Database (EDB), Tokushima University

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著作: Nakanishi Shusuke/[桑原 知巳]/[中山 治之]/Tanaka Mamoru/Ohnishi Yoshinari/Rapid Species Identification and Partial Strain Differentiation of Clostridium butyricum by PCR Using 16S-23S rDNA Intergenic Spacer Regions/[Microbiology and Immunology]

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EID
136739
EOID
673406
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0
LastModified
2012年12月21日(金) 11:09:39
Operator
三木 ちひろ
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TRUE
Censor
0
Owner
[副研究部長]/[徳島大学.大学院ヘルスバイオサイエンス研究部]
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種別 必須 学術論文(審査論文)
言語 必須 英語
招待 推奨
審査 推奨
カテゴリ 推奨
共著種別 推奨
学究種別 推奨
組織 推奨
著者 必須
  1. (英) Nakanishi Shusuke
    役割 任意
    貢献度 任意
    学籍番号 推奨
  2. 桑原 知巳
    役割 任意
    貢献度 任意
    学籍番号 推奨
  3. 中山 治之
    役割 任意
    貢献度 任意
    学籍番号 推奨
  4. (英) Tanaka Mamoru
    役割 任意
    貢献度 任意
    学籍番号 推奨
  5. (英) Ohnishi Yoshinari
    役割 任意
    貢献度 任意
    学籍番号 推奨
題名 必須

(英) Rapid Species Identification and Partial Strain Differentiation of Clostridium butyricum by PCR Using 16S-23S rDNA Intergenic Spacer Regions

副題 任意
要約 任意

(英) Some Clostridium butyricum strains have been used as probiotics for both humans and animals. Strain-specific identification is necessary for the manufacturing process of probiotics. The aim of this study was to determine whether there are sufficient genetic variations in 16S-23S intergenic spacer regions (ISRs) to discriminate C. butyricum at the biovar level. We amplified ISRs from five reference strains, a probiotic strain (MIYAIRI 588) and 22 isolates, and we classified them into four groups on the basis of amplification patterns (type A through D). However, amplification of ISRs is not sufficient for discriminating strains. Moreover, we compared genetic structures of these ISRs. Sequence analysis revealed that the size variations of ISRs were generated by the insertion of tRNA genes and unique sequences into the internal portion, while the external portions were highly conserved. On the basis of the highly conserved nucleotide sequences within the ISRs, we developed a PCR primer set specific to C. butyricum. In addition, the PCR primer designed from the unique inserted sequence in type B strain was useful to differentiate probiotic strains at the biovar level.

キーワード 推奨
  1. (英) Clostridium butyricum
  2. (英) 16S-23S rDNA intergenic spacer regions
  3. (英) PCR
発行所 推奨
誌名 必須 Microbiology and Immunology([日本細菌学会])
(pISSN: 0385-5600, eISSN: 1348-0421)
ISSN 任意 0385-5600
ISSN: 0385-5600 (pISSN: 0385-5600, eISSN: 1348-0421)
Title: Microbiology and immunology
Title(ISO): Microbiol Immunol
Supplier: 財団法人 学会誌刊行センター
Publisher: Wiley Publishing
 (NLM Catalog  (医中誌Web  (J-STAGE  (Wiley  (Scopus  (CrossRef (Scopus information is found. [need login])
必須 49
必須 7
必須 613 621
都市 任意
年月日 必須 2005年 0月 初日
URL 任意
DOI 任意
PMID 任意 16034204    (→Scopusで検索)
NAID 任意
WOS 任意 000230410300006
Scopus 任意
評価値 任意
被引用数 任意
指導教員 推奨
備考 任意
  1. (英) Article.Affiliation: Department of Molecular Bacteriology, Institute of Health Biosciences, The University of Tokushima Graduate School, Japan. s.nakanishi@miyarisan.com

  2. (英) Article.PublicationTypeList.PublicationType: Journal Article