徳島大学 教育・研究者情報データベース(EDB)

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著作: Amari Shinji/Aizawa Masahiro/Zhang Junwei/Fukuzawa Kaori/Mochizuki Yuji/Iwasawa Yoshio/Nakata Kotoko/[中馬 寛]/Nakano Tatsuya/VISCAN: Visualized Cluster Analysis of Protein-Ligand Interaction Based on the ab initio Fragment Molecular Orbital Method for Virtual Ligand Screening/[Journal of Chemical Information and Modeling]

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EID
126882
EOID
888740
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LastModified
2018年2月21日(水) 16:00:11
Operator
三木 ちひろ
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TRUE
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0
Owner
[副研究部長]/[徳島大学.大学院医歯薬学研究部]
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種別 必須 学術論文(審査論文)
言語 必須 英語
招待 推奨
審査 推奨
カテゴリ 推奨
共著種別 推奨
学究種別 推奨
組織 推奨
  1. 徳島大学.大学院ヘルスバイオサイエンス研究部.生体情報薬科学部門.分子情報薬学講座(2004年4月1日〜)
著者 必須
  1. (英) Amari Shinji
    役割 任意
    貢献度 任意
    学籍番号 推奨
  2. (英) Aizawa Masahiro
    役割 任意
    貢献度 任意
    学籍番号 推奨
  3. (英) Zhang Junwei
    役割 任意
    貢献度 任意
    学籍番号 推奨
  4. (英) Fukuzawa Kaori
    役割 任意
    貢献度 任意
    学籍番号 推奨
  5. (英) Mochizuki Yuji
    役割 任意
    貢献度 任意
    学籍番号 推奨
  6. (英) Iwasawa Yoshio
    役割 任意
    貢献度 任意
    学籍番号 推奨
  7. (英) Nakata Kotoko
    役割 任意
    貢献度 任意
    学籍番号 推奨
  8. 中馬 寛
    役割 任意
    貢献度 任意
    学籍番号 推奨
  9. (英) Nakano Tatsuya
    役割 任意
    貢献度 任意
    学籍番号 推奨
題名 必須

(英) VISCAN: Visualized Cluster Analysis of Protein-Ligand Interaction Based on the ab initio Fragment Molecular Orbital Method for Virtual Ligand Screening

副題 任意
要約 任意

(英) We have developed a visualized cluster analysis of protein-ligand interaction (VISCANA) that analyzes the pattern of the interaction of the receptor and ligand on the basis of quantum theory for virtual ligand screening. Kitaura et al. (Chem. Phys. Lett. 1999, 312, 319-324.) have proposed an ab initio fragment molecular orbital (FMO) method by which large molecules such as proteins can be easily treated with chemical accuracy. In the FMO method, a total energy of the molecule is evaluated by summation of fragment energies and interfragment interaction energies (IFIEs). In this paper, we have proposed a cluster analysis using the dissimilarity that is defined as the squared Euclidean distance between IFIEs of two ligands. Although the result of an ordered table by clustering is still a massive collection of numbers, we combine a clustering method with a graphical representation of the IFIEs by representing each data point with colors that quantitatively and qualitatively reflect the IFIEs. We applied VISCANA to a docking study of pharmacophores of the human estrogen receptor alpha ligand-binding domain (57 amino acid residues). By using VISCANA, we could classify even structurally different ligands into functionally similar clusters according to the interaction pattern of a ligand and amino acid residues of the receptor protein. In addition, VISCANA could estimate the correct docking conformation by analyzing patterns of the receptor-ligand interactions of some conformations through the docking calculation.

キーワード 推奨
  1. (英) Binding Sites
  2. (英) Cluster Analysis
  3. (英) Computational Biology
  4. (英) Computer Simulation
  5. (英) Estrogen Receptor alpha
  6. (英) Humans
  7. (英) Image Processing, Computer-Assisted
  8. (英) Ligands
  9. (英) Models, Chemical
  10. (英) Models, Molecular
  11. (英) Protein Binding
  12. (英) Protein Structure, Tertiary
  13. ソフトウェア(software)
発行所 推奨 アメリカ化学会
誌名 必須 Journal of Chemical Information and Modeling([アメリカ化学会])
(pISSN: 1549-9596, eISSN: 1549-960X)
ISSN 任意 1549-9596
ISSN: 1549-9596 (pISSN: 1549-9596, eISSN: 1549-960X)
Title: Journal of chemical information and modeling
Title(ISO): J Chem Inf Model
Publisher: American Chemical Society
 (NLM Catalog  (Scopus  (CrossRef (Scopus information is found. [need login])
必須 46
必須 1
必須 221 230
都市 任意
年月日 必須 2005年 11月 初日
URL 任意
DOI 任意 10.1021/ci050262q    (→Scopusで検索)
PMID 任意 16426058    (→Scopusで検索)
NAID 任意
WOS 任意
Scopus 任意 2-s2.0-33244464010
評価値 任意
被引用数 任意
指導教員 推奨
備考 任意
  1. (英) Article.Affiliation: Collaborative Research Center of Frontier Simulation Software for Industrial Science, Institute of Industrial Science, University of Tokyo, Meguro-ku, Japan. samari@fsis.iis.u-tokyo.ac.jp

  2. (英) Article.PublicationTypeList.PublicationType: Journal Article

  3. (英) Article.PublicationTypeList.PublicationType: Research Support, Non-U.S. Gov't

  4. (英) MedlineDate: 2006 Jan-Feb